Ninjovia boli odmalička trénovaní v boji bez zbrane. Vedeli presne, kde majú udrieť, alebo pritlačiť aby zneškodnili alebo zabili protivníka. Ich bojovým umením však nebolo karate ani kung-fu (ako sa mnohí domnievajú). Mali svoje vlastné bojové umenie, ktoré vzniklo prevzatím toho najlepšieho z rôznych iných bojových umení. Toto bojové umenie využívalo okrem klasických úderov a kopov aj rôzne uchopovacie a prehadzovacie techniky ktoré poznáme z aikida, juda alebo jujitsu. Okrem toho ninjovia dokonale poznali anatómiu ľudského tela, takže vedeli presne kde majú pritlačiť, alebo udrieť tak, aby vynaložením čo najmenšej sily dosiahli čo najvyššieho účinku. Snažili sa využiť silu protivníka vo svoj prospech. Poznali všetke slabé aj silné stránky tela. Napríklad vedeli, že úder do tváre môže byť pre protivníka bolestivý, ale takisto ho môže len viac naštvať. Zato úder do hrtanu môže mať oveľa zničujúcejšie následky. Keďže ninjovia boli väčšinou špióni, svoje bojové umenie využívali len keď boli odhalení, alebo napadnutí. Tomu boli prispôsobené aj ich techniky: boli rýchle, jednoduché ale zato maximálne účinné. Toto ich bojové umenie môžme rozdeliť na tri základné oblasti:
Názov ninjutsu sa dá preložiť ako "umenie zakrádať sa", takže ninja sa musel vedieť pohybovať tak, aby ho nikto nespozoroval. Dosiahnutie majstrovstva si vyžadovalo zvládnuť 10 základných techník (krokov):
| 01 | Nuki Ashi | Základný krok |
| 02 | Suri Ashi | Šúchavý krok |
| 03 | Pevný Ashi | Základný krok |
| 04 | Tobi Ashi | Letmý krok |
| 05 | Kata Ashi | Jeden krok |
| 06 | Ó Ashi | Veľký krok |
| 07 | Ko Ashi | Malý krok |
| 08 | Kakizami | Drobný krok |
| 09 | Wari Ashi | Správny krok |
| 10 | Tsune Ashi | Normálny krok |
Taijutsu v preklade znamená "obratnosť tela", a tvorí základ bojových umení ninjutsu. Taijutsu nepoužíva prísne a nemenné pravidlá ako väčšina bojových umení. Namiesto toho vo veľkej miere využíva prirodzené a spontánne pohyby. Bojový postoj je vždy podmienený vzťahom bojovníka k svojmu protivníkovi - žiadny vopred stanovený postoj neexistuje. Absolútni začiatočníci v tomto bojovom umení počas prvých hodín tréningu používajú štyri základné postoje : prirodzený, obranný, útočný a prijímací postoj. Tieto postoje však slúžia iba na pochopenie princípov Taijutsu. Počas boja stojí adept uvoľnene, ruky a nohy ma roztiahnuté, ako keby sa chcel vzdať. Akonáhle však začne boj, ninja zmizne a objaví sa za prekvapeným protivníkom, ktorý sa dal oklamať jeho obratným úhybným manévrom. Taijutsu nemá športovú formu, je to umenie zamerané výhradne na boj. Usiluje sa spôsobiť čo najväčšiu škodu s vynaložením čo najmenšieho počtu pohybov a čo najľahších metód. Využíva chvaty, hody, úniky, zovretie, škrtenie, tlakové body na tele a útoky na svaly a kosti. Tajomstvo úspešného ovládania Taijutsu spočíva v úspešnom a efektívnom pohybe spojenom s dokonale koordinovaným rytmom.
Ninpo je označenie pre vyššiu formu ninjutsu. Je to vlastne životná filozofia, založená na princípoch Nin. Nin sa prekladá ako trpezlivosť, ale takisto aj vytrvalosť, alebo nepozorované zakrádanie. Japonský znak pre Nin sa skladá z dvoch častí. Horná časť sa nazýva Yaiba a symbolizuje ostrú hranu čepele, spodná časť je Kokoro alebo Shin, čo znamená srdce. Znak Po poukazuje na prírodné zákony. Ninpo narozdiel od ninjutsu dáva dôraz na rozvoj charakteru osobnosti spolu s technickými zručnosťami bojového tréningu. To znamená, že ninpo spája filozofický a duchovný tréning s fyzickým tréningom.
