Ženy zohrávali veľmi dôležitú úlohu v ninja klanoch minulosti. Známe ako kunoichi používali často svoju ženskosť na to, aby sa dostali čo najbližšie k nepriateľovi. Výcvik a osvojovanie technických znalostí ninja žien boli takmer zhodné s výcvikom mužov. Boli trénované aj v zbraniach podobných tým, ktoré používali ninjovia. Ale keďže ich úlohy boli trošku iné, používali najmä menšie zbrane ako napr. oslepujúci prach, jedy, dýky, povraz alebo dokonca vejár (tessen), ktoré sa dali ľahko prenášať bez toho, aby upútali pozornosť. Predstavte si mladé plačúce dievča. Aky máte pocit? Pravdepodobne sa pokúsite jej nejako pomôcť. Toto je len jeden príklad, ako mohli kunoichi nalákať nepriateľa do pasce. Ďalší spôsob ich využitia mohol byť taký, že sa ninja žena už ako mladé dievča zamestnala v hrade nepriateľa ako slúžka, komorná a podobne. V priebehu niekoľkých rokov si tak získala priazeň a dôveru svojho okolia. Po určitom čase ju potom kontaktuje jej klan, alebo rodina, z ktorej pochádza a požiadajú ju, aby získala nejaké informácie, prípadne aby pomohla inému ninjovi vniknúť do hradu. Keď si to situácia vyžiadala, tak bola kunoichi dokonca vyzvaná, aby sa vydala za nepriateľa a tak od neho získavala potrebné informácie. Vo filme Ninja III: The Domination môžte vidieť veľmi dobrý príklad, ako sexy kunoichi (Lucinda Dickey) zabije jedneho svojho nepriateľa pri kúpeli pomocou otráveného prsteňa (kakute).
